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QSAR軟體安裝及操作流程分享

上次在SA回訓中,范姜老師在課堂上分享多個查詢系統及軟體,收穫滿滿。其中QSAR,我覺得真的蠻方便的,在未來可以替SA省下很多找毒理資料查詢檔案的時間。

這軟體在一開始安裝上會比較繁瑣,所以很多人會在一開始安裝就卡住,或不知道如何安裝。我其實一開始也失敗(應該是在跑DATA那邊沒有完成),後來星期六又重新跑一次流程,就成功了,所以紀錄一下流程,分享給大家。



QSAR是什麼?

Toolbox 是免費的應用軟體,可做為電腦模擬的化學危害評估。提供檢索及實驗數據、模擬新陳代謝和分析化學品特性的功能。這些資訊可用於查找結構和定義的類似物和化學物,它們可作為交叉閱讀和分析。

PIF 產品資訊檔案資料建立時,SA迫切需要非常多資訊及數據參考,供做安全性評估的依據參考,如服刺激及毒性數據,都可以在QSAR中取得可參考資訊,做為評估資料引用來源之一。QSAR整合了各種可以查詢資料庫的資訊,可以大大縮短SA找尋資料的時間。

在安裝上步驟不像其他網頁版查詢系統方便,需要安裝多個步驟,這邊就來一一分享給大家。


 




    步驟1    
1.1在下載軟體之前,需要先到官網,申請帳號登入。
官網:https://qsartoolbox.org/


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▲點選藍色下載


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▲選上面QSAR Toolbox Installer v.4.5 SP1 下載

 


1.2 下載完成後,需解壓縮檔案。

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1.3 解完壓縮檔案後,點開資料夾,這邊有使用說明,如安裝過程有任何問題也可以參考這份檔案喔!

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步驟2

2.1 軟體安裝
點開資料夾中的這檔案


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▲點這檔案開始準備安裝

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▲會跳出這畫面

如果沒有安裝任何以前版本的 Toolbox v.4。 (即版本 4.0、4.1、4.2、4.3 和/或 4.4),需要安裝 QSAR Toolbox 的四個基本組件

1) PostgreSQL 13

2) .NET 5.0

3) Database

4) QSAR Toolbox application
 


步驟3

3.1安裝PostgreSQL 13

點擊PostgreSQL 13

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3.2 依照步驟依序點下一步
注意,你所選擇安裝 PostgreSQL 和存儲數據的文件夾,確保少有 12 GB 可用空間。


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▲下一步


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▲可以變更想要儲存的資料夾,也可以不要動,直接點下一步

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▲這邊留意取消選中“Stack builder”組件,因為 Toolbox 不需要它(說明書中有提到),所以只有三個需要打V,然後點選下一步



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▲下一步


3.3 接著,將被要求輸入密碼和端口,很多沒有看說明書的大概會卡在這邊,這邊其實很簡單,只要帶入說明書中的密碼和端口就可以。
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▲密碼:postgres,端口:5432



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Password: postgres,兩個都KEYpostgres就可以喔!

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Port: 5432KEY5432就可以喔!

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▲下一步


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▲下一步


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▲下一步

 

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▲這邊會跑一下檔案

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PostgreSQL 13 安裝完成
 



步驟4
4.1
安裝NET 5.0

點擊Microsoft .NET 5.0 安裝程序並按照屏幕上的說明進行操作。

 

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▲點選安裝

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NET 5.0安裝完成(這步驟很簡單)

 


步驟5
5.1安裝QSAR Toolbox 4.5 Database

點擊QSAR Toolbox 4.5 Database

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5.2輸入password,留意須同上面步驟3.3 Password: postgres

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開始跑DATA(這邊檔案很大,要跑比較久)

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Database 安裝完成
 


 

步驟6

6.1安裝QSAR Toolbox application 安裝

點擊QSAR Toolbox 4.5

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▲依序流程點擊下一步

 

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▲勾選同意


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▲下一步

 

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▲下一步

 

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▲這邊不要去更動到喔,直接點下一步就可以



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▲安裝完成

 


QSAR軟體使用說明
 

以上步驟都安裝完成後,電腦桌面上會出現下面三個圖案

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正常使用都是點選中間那個,右邊是新的網頁版


點擊中間圖案,打開後會出現下面畫面,一開始是紅色字體,不要緊張,他還在跑資料,等到綠色OPEN出現,就完成。

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會有兩個選項,第一個是新版簡易版,大家可以先從這著手,會比較簡單好上手。

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如何查詢資料??
先跟大家分享如何利用QSAR查詢,SA在計算MOS時,所需要的NOAEL或其他毒理資料數據。
 

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▲簡易版畫面,點Define就可以開始查詢


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▲輸入CAS,點右邊Search就可以查詢原料


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▲點擊Confirm確認

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▲這邊有很多可以選,但也可以直接選ALL DATA

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這五個分別是
結構信息
理化性質
環境和運輸
生態毒理學資料
人類健康危害


跟人類有相關的健康危害在第五個,所以查詢NOAEL跟其他毒性等資訊都在這邊,點這個就可以,展開後會看到很多資訊

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Acute Toxicity急性毒性
ADME吸收、分佈、代謝和排泄
Carcinogenicity致癌性
Developmental Toxicity / Teratogenicity發育毒性
/致突變性
Genetic Toxicity遺傳毒性
Immunotoxicity免疫毒性
Irritation/ Corrosion刺激
/腐蝕
Neurotoxicity神經毒性
Photoinduced toxicity光毒性
Repeated Dose Toxicity重複劑量毒性
Sensitisation致敏
ToxCast內分泌干擾
Toxicity to Reproduction生殖毒性
Toxicokinetics, Metabolism and Distribution毒代動力學、代謝和分佈




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要查詢NOAEL要點選Repeated Dose Toxicity重複劑量毒性
因為NOAEL 90天的重複劑量下得到的數據資料。


其他資料查詢,急毒性、眼刺激、皮膚刺激、致敏等,資料也都可以在這邊查詢得到,真的是一個非常方便SA查詢資料的軟體,SA在未來可以多多利用這軟體做資料的查詢協助。

以上就是這次的軟體分享,希望對正面臨PIF壓力的SA們,有幫助跟收穫

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